La Gestión de Facilitación del Transporte Aéreo se centra en garantizar la eficiencia y seguridad en los procesos de transporte aéreo. Esto incluye el desarrollo y mantenimiento del Programa Nacional de Facilitación del Transporte Aéreo junto con circulares y procedimientos asociados.

Se realizan enmiendas periódicas para mejorar estos programas y procedimientos, además de la planificación de inspecciones anuales para asegurar el cumplimiento normativo. Se llevan a cabo reuniones del Comité Nacional de Facilitación del Transporte Aéreo y se establecen procedimientos específicos para facilitar estas actividades.

Asimismo, se ejecutan informes técnicos para controlar y seguir de cerca las actividades realizadas en distintos niveles de dirección y oficinas técnicas. Se emiten cartas de aprobación para programas de facilitación de oficinas y operadores aéreos, y se desarrollan programas e instructivos para la formación del personal relacionado con la facilitación del transporte aéreo. Todo esto se rige por un plan anual que guía las actividades de facilitación del transporte aéreo a lo largo del tiempo.